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土壤卫生问题有如下几个方面：
①土壤生物性污染可传播肠道传染病和寄生虫病。土壤调查土壤受病人和病畜粪便的污染后，粪便中的病原体能在土壤中存活相当一段时间或在土壤中发育成熟，通过直接接触、饮水和食用农作物，使人感染肠道传染病或寄生虫病。粪便无害化处理是有效的土壤卫生防护措施。
②土壤化学性污染可造成居民慢性中毒。工业废水中的重金属镉，通过污水灌溉被水稻吸收，使长期食用含镉大米的消费者发生慢性镉中毒。石油化工废水的致癌、致突变有机化合物，因污水灌溉而污染农作物和水源，使灌区居民消化道癌症和先天性畸形发生率增加。某些金属冶炼厂的含氟废气沉降物，使土壤和农作物受到污染，附近居民发生慢性氟中毒。土壤中过量的氮肥可转化为强致癌物亚硝胺，过量的农药可在食用农作物残留并危害消费者健康。因此，对于种植食用作物的农田，应特别注意防止化学性污染，合理使用化肥和农药，灌溉的污水经过处理，某些工厂周围的农田改种经济作物等措施。
③城市废弃物土地处理不当可恶化环境卫生条件。城市废弃物（垃圾、污物、污水）的处置，多从土地处理找出路，或填埋、或灌溉、或用作农肥。如果不按卫生要求进行处理，就不但散发氨、硫化氢、甲烷、吲哚等有害气体和恶臭，促进蚊、蝇和鼠类孳生，而且还会污染水源，恶化附近居民的生活环境。建设符合卫生要求的污水处理厂和垃圾填埋场是城市必不可少的基本卫生设施。
④土壤中微量元素的缺乏、过多或不足可造成某些地方病的发生。天然土壤因地球化学元素分布的不均匀性或可溶性无机元素离子的流失，造成食物和饮水中某些人体生命的微量元素的过多或缺乏，而使人体生理失调或患病，例如碘缺乏所致的地方性甲状腺肿和克汀病，氟过多所致的地方性氟中毒等。因此，明确地方病的病因有助于采取相应的防治措施。
⑤常年潮湿的土壤是不良的居住环境。住宅所在地可因地下水位高而常年潮湿，居民长期居住在潮湿环境中可诱发风湿性关节炎等疾病。因此，选择住宅用地应符合卫生要求。
