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当前国家土壤环境质量监测网络铺开的大背景下，土壤环境质量监测须严格按照相关技术规范和标准规定实施全过程质量控制，做好现场布点采样、运输流转、制样保存、实验室分析及数据处理审核等质量控制工作。
加强监测人员的技术培土壤调查训和监督，坚持监测人员持证上岗；使用符合要求的仪器设备并定期进行检定或校准，必要时进行期间核查；严格对报告质量把关。让具有代表性、客观性、准确性的监测数据，为政策制定、技术研究提供基础数据支撑，更好地为土壤保护和污染防治提供技术支持。
样品采集、运输流转和制备过程的质量控制
1、为使所采集的样品具有同等代表性，布点应遵循“随机”和“等量”的原则。布点方法有简单随机、分块随机和系统随机三种；基础样品数量可由均方差和偏差、变异系数和相对偏差计算得出；布点数量要能满足样本容量的基本要求。一般要求每个监测单元少设3个点，实际工作中还要根据调查目的、调查精度和调查区域环境状况等因素来确定。
样品采集：样品采集通常按3个阶段进行，即前期采样、正式采样和补充采样，面积较小的土壤污染调查和突发性污染事故调查可直接采样。区域环境背景土壤采样、农田土壤采样、建设项目土壤环境评价监测采样、城市土壤采样、污染事故监测土壤采样，不同的类型有不同的特点及方式，需按照相应的规定要求进行作业。
2、样品制备和保存的质量保证样品制备：实验室需设风干室和磨样室，风干室应通风良好、整洁、无尘、无易挥发性化学物质，并避免阳光直射。制样人员与样品管理员同时清点核实、交接样品，在样品交接单上签字确认。还应具备相应的风干、粗粉碎、磨样、过筛、装样所需工具及容器，制样操作要符合规范要求，并严格防止标签和样品混错，防止制样工具造交叉污染。
